Guardar la documentación fiscal solo cuatro años puede ser un error
Han transcurrido cuatro años desde la presentación de una declaración tributaria y surge una duda habitual en las empresas: ¿es posible destruir las facturas, los justificantes y el resto de la documentación correspondiente a ese ejercicio?
Aunque el plazo general de prescripción tributaria es de cuatro años, aplicar esta regla de forma automática puede generar problemas. Determinadas partidas fiscales pueden seguir teniendo efectos en ejercicios posteriores y, por tanto, continuar sujetas a comprobación por parte de la Administración tributaria.
Esta circunstancia puede dejar a una empresa en una situación comprometida si, después de eliminar sus documentos, necesita acreditar el origen de una deducción, una base imponible negativa o un crédito fiscal pendiente de compensación.
Por ello, antes de proceder a la eliminación de documentación antigua, resulta fundamental revisar qué obligaciones siguen vigentes y qué elementos fiscales pueden requerir justificación. Una política de conservación adecuada permite reducir riesgos y evitar dificultades probatorias ante una eventual comprobación tributaria.
1. Prescripción tributaria de cuatro años: qué implica para las empresas
El artículo 66 de la Ley General Tributaria (LGT) establece, con carácter general, un plazo de prescripción de cuatro años para determinados derechos de la Administración y de los obligados tributarios. Entre ellos se encuentra el derecho de la Administración a determinar la deuda tributaria mediante la correspondiente liquidación.
Sin embargo, este plazo no debe interpretarse como una autorización general para eliminar toda la documentación fiscal de un ejercicio una vez transcurridos cuatro años.
La razón es que la normativa distingue entre la posibilidad de liquidar una deuda tributaria correspondiente a un periodo y la facultad de comprobar determinados elementos fiscales que se originaron en él, pero que continúan produciendo efectos en ejercicios posteriores.
Por ejemplo, una empresa puede haber generado una base imponible negativa en un ejercicio ya prescrito y utilizarla posteriormente para reducir su base imponible. En ese supuesto, el origen de la cantidad puede seguir siendo relevante para la Administración tributaria.
Por tanto, la prescripción de un ejercicio no implica necesariamente que desaparezca la obligación de acreditar todos los datos fiscales que proceden de él.
2. Créditos fiscales: cuándo puede Hacienda comprobarlos durante diez años
Uno de los aspectos más importantes para determinar cuánto tiempo debe conservarse la documentación es la existencia de créditos fiscales pendientes de aplicación.
El artículo 66 bis de la LGT establece un plazo específico de diez años para que la Administración pueda iniciar la comprobación de determinadas partidas:
- Bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación.
- Deducciones aplicadas o pendientes de aplicación.
El cómputo de este plazo comienza el día siguiente a aquel en que finaliza el plazo reglamentario para presentar la declaración o autoliquidación correspondiente al ejercicio o periodo en el que nació el derecho.
Esta regulación introduce una diferencia relevante respecto al plazo general de cuatro años. Una cantidad generada en un ejercicio anterior puede seguir siendo objeto de comprobación durante un periodo más amplio.
En consecuencia, las empresas que mantienen créditos fiscales pendientes deben prestar especial atención a la documentación que acredita su origen y su correcta cuantificación.
No basta con conservar las declaraciones tributarias. También puede ser necesario disponer de los documentos que justifican las operaciones de las que proceden esas cantidades.
3. Bases imponibles negativas: la importancia de conservar los justificantes
Las bases imponibles negativas (BIN) del Impuesto sobre Sociedades constituyen uno de los ejemplos más claros de la necesidad de conservar documentación fiscal durante más tiempo.
Una sociedad puede generar pérdidas fiscales en un ejercicio y utilizar esas bases negativas para compensarlas con bases imponibles positivas de ejercicios posteriores, dentro de los requisitos y límites establecidos por la normativa.
De este modo, las cantidades originadas en un periodo anterior pueden seguir teniendo consecuencias fiscales años después.
El artículo 66 bis LGT permite a la Administración iniciar la comprobación de estas bases imponibles negativas durante un plazo de diez años, en los términos previstos legalmente.
Además, el TEAC (Resolución 7028/2022) ha precisado que, durante ese periodo, el contribuyente debe conservar no solo las autoliquidaciones y los libros contables, sino también los documentos que acrediten las operaciones reflejadas en ellos.
Entre estos justificantes pueden encontrarse facturas, contratos, documentos bancarios y otros soportes que permitan demostrar cómo se generaron las bases imponibles negativas.
La existencia de una anotación contable no acredita necesariamente, por sí sola, la realidad de la operación que la origina. Por ello, la documentación justificativa puede resultar determinante ante una comprobación posterior.
4. Qué ocurre cuando han transcurrido diez años
El transcurso del plazo especial de diez años también requiere una interpretación cuidadosa.
Una vez finalizado ese periodo, la Administración pierde la posibilidad de iniciar la comprobación de las bases, cuotas o deducciones a las que se refiere el artículo 66 bis.2 LGT, en los términos establecidos en dicho precepto.
Sin embargo, esto no significa que pueda eliminarse automáticamente toda la documentación relacionada con esas partidas.
Cuando el contribuyente continúa utilizando esas cantidades en ejercicios que todavía no han prescrito, el propio artículo 66 bis contempla la obligación de aportar las liquidaciones o autoliquidaciones correspondientes y la contabilidad, salvo que la normativa específica establezca otra cosa.
En el caso de las bases imponibles negativas, el TEAC también destaca la importancia de acreditar el depósito de la contabilidad en el Registro Mercantil durante el plazo de diez años.
Por tanto, cumplir diez años desde el nacimiento de un crédito fiscal no constituye necesariamente una autorización para destruir todos los documentos relacionados con él.
Antes de eliminar documentación, es necesario comprobar si las cantidades correspondientes continúan utilizándose y qué obligaciones de acreditación permanecen vigentes.
5. Conservación de documentación fiscal en el IVA
La necesidad de conservar documentación durante más de cuatro años no se limita al Impuesto sobre Sociedades. También puede afectar a las empresas que arrastran saldos de IVA pendientes de compensación.
Una empresa puede generar un saldo a compensar en un determinado periodo y trasladarlo a autoliquidaciones posteriores. Aunque el ejercicio en el que se originó ese saldo sea antiguo, la cantidad puede seguir teniendo efectos fiscales.
En estas circunstancias, debe distinguirse entre la posibilidad de liquidar nuevamente el periodo en el que se generó el saldo y la facultad de comprobar el crédito fiscal que se está aplicando en un ejercicio posterior.
El artículo 66 bis contempla tanto las bases imponibles negativas como las cuotas compensadas o pendientes de compensación y las deducciones aplicadas o pendientes de aplicación.
Por ello, las empresas que trasladan habitualmente saldos de IVA a ejercicios posteriores deben revisar sus políticas de archivo y asegurarse de que conservan la documentación necesaria para justificar su procedencia.
La antigüedad de una autoliquidación no permite concluir, por sí sola, que los documentos que la respaldan hayan perdido toda relevancia tributaria.
6. Comprobación de ejercicios prescritos: qué puede revisar Hacienda
Una de las cuestiones que más dudas genera es cómo puede la Administración tributaria examinar información de un ejercicio que ya ha prescrito.
La respuesta está en la diferencia entre comprobar el origen de una cantidad que sigue produciendo efectos fiscales y practicar una nueva liquidación correspondiente al ejercicio en el que se generó.
Son actuaciones distintas y están sujetas a límites diferentes.
El artículo 66 bis establece que la prescripción de los derechos contemplados en el artículo 66 no afecta, con las limitaciones previstas en la propia norma, al derecho de la Administración a realizar determinadas comprobaciones e investigaciones.
Esto permite examinar el origen de ciertos elementos fiscales que continúan teniendo consecuencias en ejercicios posteriores, aunque el periodo en el que se generaron ya haya prescrito.
No obstante, esta facultad no significa que Hacienda pueda volver a liquidar automáticamente cualquier ejercicio prescrito. La comprobación de un elemento fiscal y la liquidación de la deuda correspondiente al periodo de origen deben diferenciarse.
Para las empresas, esta distinción tiene una consecuencia práctica: deben conservar los documentos necesarios para justificar los créditos fiscales que siguen aplicando, aunque procedan de ejercicios antiguos.
7. ¿Es suficiente conservar la contabilidad y las declaraciones fiscales?
La conservación de los libros contables y las declaraciones tributarias es importante, pero puede no ser suficiente para acreditar determinadas operaciones.
Imaginemos una sociedad que conserva sus autoliquidaciones del Impuesto sobre Sociedades y sus libros contables, pero que ha eliminado las facturas y los contratos correspondientes a ejercicios anteriores por considerar que ya habían transcurrido cuatro años.
Si posteriormente pretende compensar una base imponible negativa y la Administración todavía puede comprobarla, podría necesitar justificar las operaciones que dieron lugar a esa cantidad.
En este contexto, el TEAC ha señalado la importancia de conservar tanto las autoliquidaciones y los libros de contabilidad como los soportes documentales de las operaciones.
La falta de estos últimos puede impedir que el contribuyente acredite adecuadamente la procedencia de las bases imponibles negativas declaradas.
Por tanto, una política de archivo que conserve únicamente las declaraciones y los registros contables puede resultar insuficiente cuando existen partidas fiscales pendientes de aplicación.
8. Obligaciones mercantiles: otro motivo para conservar documentación
La prescripción tributaria no es el único criterio que debe tenerse en cuenta al establecer los plazos de conservación documental de una empresa.
El Código de Comercio establece su propio régimen de conservación de libros, correspondencia, documentación y justificantes relacionados con la actividad empresarial.
A estas obligaciones mercantiles pueden añadirse otras circunstancias contractuales, societarias o procesales que hagan conveniente conservar determinados documentos durante más tiempo.
Por esta razón, no resulta adecuado establecer una única fecha de eliminación para toda la documentación de una empresa.
Cada documento puede estar sujeto a obligaciones diferentes, en función de su naturaleza y de los efectos jurídicos que todavía pueda producir.
Una política documental eficaz debe tener en cuenta conjuntamente las obligaciones fiscales y mercantiles, así como las circunstancias particulares de cada operación.
9. Otros documentos que pueden requerir una conservación prolongada
Las bases imponibles negativas y los saldos fiscales pendientes de compensación son ejemplos especialmente relevantes, pero no son los únicos elementos que pueden justificar la conservación de documentación antigua.
Entre los supuestos que conviene revisar se encuentran:
- Bienes de inversión: documentación relacionada con su adquisición y con los efectos fiscales que puedan prolongarse durante varios ejercicios.
- Amortizaciones: justificantes vinculados a operaciones cuyos efectos fiscales se extienden a distintos periodos.
- Deducciones fiscales: documentación correspondiente a deducciones aplicadas o pendientes de aplicación.
- Subvenciones: documentos relacionados con operaciones que pueden producir efectos durante varios ejercicios.
- Contratos de larga duración: documentación que puede seguir siendo necesaria mientras el contrato produzca consecuencias jurídicas.
- Procedimientos y reclamaciones: justificantes que pueden resultar relevantes para acreditar derechos o defender los intereses de la empresa.
La conservación de estos documentos debe valorarse atendiendo a sus circunstancias particulares. Su antigüedad, por sí sola, no permite determinar si pueden destruirse.
10. Cómo establecer una política de conservación documental
Para evitar eliminaciones indiscriminadas, las empresas pueden organizar su documentación mediante un sistema de conservación que tenga en cuenta los distintos plazos y las consecuencias fiscales de cada operación.
Una primera medida consiste en identificar los documentos sujetos al plazo general de prescripción y diferenciarlos de aquellos relacionados con créditos fiscales pendientes.
También es importante comprobar si existen partidas originadas en ejercicios anteriores que continúan utilizándose en declaraciones posteriores.
A partir de esta información, puede establecerse un calendario de conservación adaptado a la naturaleza de cada documento.
En un entorno empresarial cada vez más digitalizado, no basta con almacenar los archivos durante el periodo correspondiente. También es necesario que puedan localizarse y relacionarse con las operaciones, los contratos y los registros contables que justifican.
La utilidad de un documento depende, en buena medida, de que pueda recuperarse y presentarse cuando resulte necesario.
Por ello, antes de eliminar documentación antigua, conviene revisar tanto su antigüedad como su posible relevancia fiscal, contable o jurídica.
11. Preguntas frecuentes sobre la conservación de documentación fiscal
¿Puedo destruir las facturas cuando han pasado cuatro años?
No necesariamente. El plazo general de prescripción tributaria es de cuatro años, pero determinadas partidas fiscales pueden seguir produciendo efectos en ejercicios posteriores. Antes de destruir las facturas, es necesario comprobar si siguen siendo relevantes para acreditar alguna cantidad pendiente de aplicación.
¿Cuánto tiempo puede comprobar Hacienda las bases imponibles negativas?
El artículo 66 bis de la LGT establece un plazo de diez años para iniciar la comprobación de las bases imponibles negativas, contado desde el día siguiente a la finalización del plazo reglamentario de presentación de la declaración correspondiente al ejercicio en el que se generaron.
¿Es suficiente conservar las declaraciones del Impuesto sobre Sociedades?
No siempre. En el caso de las bases imponibles negativas, el TEAC (Resolución 7028/2022) señala la importancia de conservar también los libros contables y los soportes documentales de las operaciones que las originaron.
¿Qué documentos debo conservar para justificar una base imponible negativa?
Según el contenido de la resolución citada, deben conservarse las autoliquidaciones, los libros contables y los soportes documentales de las operaciones reflejadas en ellos que permitan justificar la procedencia de las bases imponibles negativas.
¿Puede Hacienda comprobar un ejercicio que ya ha prescrito?
La Administración puede comprobar determinados elementos fiscales de ejercicios prescritos cuando se mantienen dentro de los supuestos y límites previstos legalmente. Esta facultad debe distinguirse del derecho a practicar una nueva liquidación del ejercicio de origen.
¿Qué ocurre si sigo compensando un crédito fiscal después de diez años?
El transcurso del plazo de diez años no implica que desaparezcan todas las obligaciones de acreditación. Si la cantidad continúa utilizándose en ejercicios no prescritos, pueden subsistir obligaciones documentales conforme al artículo 66 bis.
¿También debo conservar los documentos relacionados con el IVA?
Sí, cuando sean necesarios para justificar saldos pendientes de compensación que continúan produciendo efectos fiscales. La antigüedad del periodo en el que se generó el saldo no determina por sí sola que la documentación pueda eliminarse.
¿El Código de Comercio establece obligaciones de conservación?
Sí. El Código de Comercio establece un régimen propio para la conservación de libros, correspondencia, documentación y justificantes relativos al negocio. Por tanto, las empresas deben tener en cuenta también sus obligaciones mercantiles.
¿Puedo eliminar todos los documentos de un ejercicio cuando cumple diez años?
No de forma automática. Si existen cantidades pendientes de aplicación en ejercicios no prescritos, pueden subsistir obligaciones de aportar determinadas declaraciones y la contabilidad. Además, pueden concurrir otras obligaciones de conservación.
¿Cómo puedo saber qué documentación fiscal puede destruir mi empresa?
Es necesario revisar los ejercicios afectados, las partidas fiscales pendientes de aplicación y las obligaciones de conservación que correspondan a cada documento. Una revisión individualizada permite determinar qué documentación debe mantenerse y cuál puede eliminarse.
12. Conclusión: conservar la documentación fiscal exige algo más que contar cuatro años
El plazo general de prescripción tributaria de cuatro años no constituye una regla universal para eliminar toda la documentación fiscal de una empresa.
Las bases imponibles negativas, los saldos pendientes de compensación y determinadas deducciones pueden seguir produciendo efectos en ejercicios posteriores y estar sujetos a comprobación durante plazos más amplios.
Además, las obligaciones mercantiles y las circunstancias particulares de cada operación pueden justificar la conservación de determinados documentos durante más tiempo.
Por ello, antes de destruir documentación antigua, resulta conveniente revisar su naturaleza, los efectos fiscales que todavía pueda producir y las obligaciones de acreditación que continúen vigentes.
En ILEX Tax & Legal podemos ayudarle a analizar las obligaciones documentales de su empresa y a valorar los riesgos asociados a la eliminación de documentación fiscal.
Este contenido es meramente informativo y no sustituye el asesoramiento jurídico o tributario profesional. La aplicación de la normativa debe analizarse atendiendo a las circunstancias concretas de cada caso.
